Đối với các đơn đăng ký bảo hộ đối tượng công nghiệp sở hữu nói chung và đơn đăng ký sáng chế nói riêng sau khi đã được nộp vào Cục sở hữu trí tuệ Việt Nam, người nộp đơn đều rất quan tâm đến việc đơn của mình sẽ được xử lý như thế nào và trong thời gian bao lâu. Cụ thể, đơn đăng ký sáng chế sẽ trải qua các giai đoạn bao gồm: tiếp nhận đơn; thẩm định hình thức đơn; công bố đơn hợp lệ; thẩm định nội dung đơn; cấp hoặc từ chối cấp văn bằng bảo hộ; đăng bạ và công bố quyết định cấp văn bằng bảo hộ.
Thứ nhất, tiếp nhận đơn đăng ký sáng chế:
Ở giai đoạn này, khi nhận đơn, Cục sở hữu trí tuệ sẽ kiểm tra đơn và đối chiếu với danh mục tài liệu ghi trong tờ khai để kết luận có tiếp nhận đơn hay không. Trong trường hợp đơn đầy đủ các tài liệu tối thiểu theo quy định pháp luật, cán bộ nhận đơn sẽ tiếp nhận đơn và đóng dấu xác nhận ngày nộp đơn và số đơn vào các tờ khai và gửi lại một bản tờ khai cho người nộp đơn. Trường hợp đơn không đủ các tài liệu tối thiểu, Cục sẽ từ chối tiếp nhận đơn.
Thứ hai, thẩm định hình thức đơn đăng ký sáng chế:
Mục đích của việc thẩm định hình thức đơn đăng ký sáng chế nhằm kiểm tra việc tuân thủ các quy định về hình thức đối với đơn, từ đó đưa ra kết luận đơn có được coi là hợp lệ hay không. Nếu đơn hợp lệ sẽ được xem xét tiếp nếu không, đơn sẽ bị từ chối. Hình thức được xem xét ở đây liên quan đến ngôn ngữ trình bày đơn, hình thức trình bày văn bản, cỡ chữ; số lượng bản tài liệu; tờ khai phải đảm bảo các thông tin bắt buộc và thống nhất; đối với các tài liệu yêu cầu phải có xác nhận của cơ quan có thẩm quyền, thì phải có dấu xác nhận của cơ quan đó. Ngoài ra, trong giai đoạn này, Cục cũng sẽ kiểm tra ngày nộp đơn và ngày ưu tiên (nếu có). Nếu đơn còn thiếu sót, Cục sẽ gửi cho người nộp đơn thông báo dự định từ chối chấp nhận đơn hợp lệ và ấn định thời gian để người nộp đơn có thể sửa chữa thiếu sót, trường hợp người nộp đơn không phản hồi, Cục sẽ ra Thông báo từ chối đơn. Nếu đơn hợp lệ, Cục sẽ gửi cho người nộp đơn thông báo chấp nhận đơn hợp lệ
Thứ ba, công bố đơn hợp lệ:
Các đơn đăng ký sáng chế sau khi được chấp nhận hợp lệ đều được Cục Sở hữu trí tuệ công bố trên Công báo sở hữu công nghiệp trong tháng thứ mười chín kể từ ngày ưu tiên hoặc ngày nộp đơn, nếu đơn không có ngày ưu tiên hoặc trong thời hạn 02 tháng kể từ ngày chấp nhận đơn hợp lệ, tuỳ theo ngày nào muộn hơn. Nếu là đơn đăng ký sáng chế theo Hiệp ước hợp tác về sáng chế sẽ được công bố trong thời hạn 02 tháng kể từ ngày chấp nhận đơn hợp lệ sau khi đơn đã vào pha quốc gia. Đối với đơn có yêu cầu công bố sớm được công bố trong thời hạn 02 tháng kể từ ngày Cục Sở hữu trí tuệ nhận được yêu cầu công bố sớm hoặc kể từ ngày chấp nhận đơn hợp lệ, tuỳ theo ngày nào muộn hơn.
Thứ tư, thẩm định nội dung đơn đăng ký sáng chế:
Mục đích của việc thẩm định nội dung đơn đăng ký sáng chế nhằm đánh giá khả năng được bảo hộ của đối tượng nêu trong đơn theo các điều kiện bảo hộ và xác định phạm vi bảo hộ tương ứng của đơn. Lưu ý rằng, trong quá trình thẩm định nội dung đơn đăng ký sáng chế có quyền ưu tiên, Cục có thể sử dụng kết quả tra cứu thông tin và kết quả thẩm định tương ứng đã nộp ở nước ngoài. Tuy nhiên, người nộp đơn có thể chủ động cung cấp các tài liệu sau để phục vụ cho việc thẩm định đó là: (i) kết quả tra cứu thông tin hoặc kết quả thẩm định đơn đã nộp ở nước ngoài cho đối tượng nêu trong đơn (ii) bản sao văn bằng bảo hộ đã được cấp trên cơ sở đơn đồng dạng đã nộp ở nước ngoài (iii) tài liệu liên quan đến tình trạng kỹ thuật của đối tượng nêu trong đơn đăng ký sáng chế mà người nộp đơn được cơ quan có thẩm quyền nước ngoài cung cấp và tài liệu khác. Nội dung thẩm định đơn đăng ký sáng chế đó là đánh giá sự phù hợp của đối tượng nêu trong đơn với từng điểm nêu trong yêu cầu bảo hộ. Sau khi kết thúc quá trình thẩm định nội dung, Cục sẽ ra một trong các thông báo sau:
- Nếu đối tượng nêu trong đơn không đáp ứng yêu cầu bảo hộ hoặc đã đáp ứng tiêu chuẩn bảo hộ nhưng đơn còn có thiếu sót, Cục sẽ ra thông báo dự định từ chối cấp văn bằng bảo hộ và ấn định thời hạn để người nộp đơn có ý kiến và sửa chữa thiếu sót. Sau khi người nộp đơn đã phản hồi thông báo và Cục xem xét thấy phù hợp, cục ra Thông báo dự định cấp văn bằng và ấn định thời hạn để người nộp đơn nộp phí cấp văn bằng.
- Nếu đối tượng nêu trong đơn đã đáp ứng các yêu cầu bảo hộ, Cục sẽ ra Thông báo dự định cấp văn bằng và ấn định thời hạn đề người nộp đơn nộp phí cấp văn bằng.
Trong cả hai trường hợp nêu trên, nếu người nộp đơn đã nộp đủ lệ phí cấp văn bằng bảo hộ, lệ phí công bố quyết định cấp văn bằng bảo hộ, lệ phí đăng bạ, lệ phí duy trì hiệu lực năm thứ nhất, người nộp đơn sẽ được cấp Bằng độc quyền sáng chế. Mỗi năm người nộp đơn đều phải nộp lệ phí duy trì hiệu lực văn bằng bảo hộ nếu không, văn bằng sẽ bị chấm dứt hiệu lực.